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Considerados por muitos a etapa mais importante de toda produção cafeeira pois é no processamento onde se evidencia o todo sensorial do café e se for mal feito também pode ser o vilão e estragar todo cuidado que foi feito até aqui.
Após a colheita os frutos vão para o prcessamento via seca ou úmida, podendo passar por um lavador/separador que usa água separando por densidade os frutos com estágio mais secos (os bóias) dos frutos maduros e verdes.
Se os frutos vão para o terreiro de secagem preservando a casca (exocarpo) é considerado um processo via seca, denominando dando origem ao café natural.
Mas se os frutos logo depois que passam pelo lavador forem levados para o descascador (ou despolpador) retirando a casca do café por uma leve prensagem separando o maduro do verde (que não se descasca facilmente) é considerado processo via úmida dando origem ao café cereja descascado. Nessa fase os grãos podem ir direto para o terreiro de secagem ou ir para retirada da mucilagem (mesocarpo), uma poupa grudenta e pegajosa que fica aderido no pergaminho (endocarpo) uma segunda casca que protege o grão, por meio de fermentação em tanques com água ou por meio mecânico emu ma máquina chamada desmucilador dando assim a origem ao café desmucilado.
Os cafés naturais tendem a ter um sensorial mais complexo e intenso. Já os cafés descascados e desmucilados geralmente são mais suaves e limpos.